定都天京以后，太平天国主要领导人之间嫌隙日生，杨秀清、韦昌辉、石达开等各自结成自己的势力集团，进行争权夺利的斗争。东王杨秀清掌握大部分军政实权，其骄傲专横的作风扩大了他和洪秀全、韦昌辉、石达开、秦日纲等的矛盾。1856年，八九月间江南大营被打垮之后，杨秀清更逼天王洪秀全到东王府封其万岁。洪秀全密令韦昌辉和石达开回部对付杨秀清。
韦昌辉接令后立即率兵回天京，包围东王府，诛杀杨秀清及其眷属，在天京城内制造大屠杀，实行恐怖统治，并杀死杨秀清全家老小，石达开逃往安庆。韦昌辉的屠杀和暴虐统治激起了天京将士的愤怒，石达开也要求洪秀全惩办韦昌辉，洪秀全遂于11月初处死韦昌辉及其心腹200多人。 11月底，石达开回天京，洪秀全命他掌管政务，但是对其心存疑忌，加封自己兄弟为王，处处牵制石达开。1857年6月石达开率部出走，1863年5月陷入清军包围，全部被剿灭。
天京变乱使太平军元气大伤，并丧失了乘胜歼灭敌人的有利时机，是太平天国由盛转衰的转折点。