1.解决的问题不同，民族区域自治主要解决民族问题特别城区主要解决统一问题。
2.自治权不同，特别行政区的有较高的自治权.
3.地方不同，民族区域自治主要存在于民族聚居地方，特别行政区主要指香港澳门台湾。
4.社会制度不同，民族区自治地方实行社会主义制度,而特别行政区保持原有的资本主义制度。